Недавно потребовалось переустановить систему на компьютере, где был установлен КриптоПРО. Как обычно найти нужный документ с серийным номером не получилось. Как оказалось КриптоПРО хранит свой ключ в реестре в открытом виде в разделе:

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\СurrentVersion\Installer\UserData\S-1-5-18\Products\05480A45343B0B0429E4860F13549069\InstallProperties. 

Ключ ProductID содержит искомый серийник.