Для управления серверами linux из под windows есть отличная утилита putty (Скачать putty).

Я использую windows 7 и предпочитаю для удобства использовать версию с вкладками - скачать mputty.

Однако при смене компьютера столкнулся с тем, что при переносе рабочей папки настройки хостов (сессий) не перенеслись. Оказывается настройки программы хранятся в реестре windows, в ключе HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham\PuTTY\Sessions.

Команда выгрузки настроек в файл сессий выглядит следующим образом:

regedit /e "%userprofile%\Desktop\putty-sessions.reg" HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham\PuTTY\Sessions

Для выгрузки всех настроек можно воспользоваться следующей командой:

regedit /e "%userprofile%\Desktop\putty.reg" HKEY_CURRENT_USER\Software\SimonTatham

Полученный в результате файл можно с легкостью импортировать в другой системе. Все ваши настройки будут перенесены.

ps в случае, если в программе были указаны ключи ssh для доступа к серверам, нужно зайти в настройки и проверить/изменить пути к файлам ключей.